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根据TMS刺激脉冲不同，可以将TMS分为三种刺激模式：单脉冲TMS(sTMS)、双脉冲TMS(pTMS)以及重复性TMS(rTMS)。sTMS由手动控制无节律脉冲输出，也可以激发多个刺激,但是刺激间隔较长(例如秒)，多用于常规电生理检查。pTMS以极短的间隔在同一个刺激部位连续给予两个不同强度的刺激，或者在两个不同的部位应用两个刺激仪(又称作double-coilTMS,dTMS)，多用于研究神经的易化和抑制作用。rTMS分为高频和低频两种，则需要设备在同一个刺激部位给出慢节律低频或快节律高频rTMS。不同刺激参数(模式、频率、强度、间隔、持续时间、刺激位点、刺激方向等)的rTMS产生不同的神经生理效应，低频刺激模式引起皮层的抑制，高频刺激模式则引起兴奋。在临床中主要通过捕捉和利用这种生物效应来达到诊断和治疗的目的。
应用情况
目前经颅磁刺激技术得到了广泛的使用，国内的经颅磁刺激技术达到世界先进水平，在抽动症、多动症、自闭症、失眠、神经心理科(抑郁症、精分症)等各个方面都得到了应用。作为一种非药物治疗在临床取得了可喜的成绩。
经颅磁刺激技术特点
作为二十一世纪研究脑部科学四大技术手段之一的经颅磁刺激技术，无痛、无创、无损是其三大技术特点。为了穿过头皮和颅骨TMS技术的磁场强度是不能低于特斯拉的，最为直观的判断就是头部MEP的检测。
经颅磁刺激技术是通过不同的频率在不同的部位实现不同的治疗效果，从而对患者起到治疗的作用，所以在临床上治疗还需要准确的定位。
刺激时间、刺激间隔的调制是与疗效密切相关的，这就取决于线圈的冷却系统。高频兴奋、低频抑制，这是目前常用的治疗方案，目前国际上比较常用的爆发刺激是TMS技术发展的方向。
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