基准医疗靶向DNA甲基化测序结果发表

ningxueqin

　　4月6日，基准医疗（AnchorDx）宣布，该公司与中山大学附属第六医院的兰平教授和吴现瑞教授团队在Molecular Oncology（影响因子: 6.574）发表了一篇题为“A novel cell-free DNA methylation-based model improves the early detection of colorectal cancer”的研究论文。

　　结直肠癌（CRC）是全球第三大最常见的恶性肿瘤，尽管治疗方法有所改善，但TNM晚期CRC患者的预后仍较差。I期CRC患者的5年生存率为91%，而IV期仅为14%。因此，对早期CRC的精准筛查是降低CRC相关死亡率的关键策略之一。

　　目前，甲基化测序主要分为有创结肠镜检查和无创大便CRC筛查，有创结肠镜检查存在对技术和设备要求高、检查前需要彻底清洁肠道、侵入性检查会带来一定的痛苦和并发症风险、患者依从性差等问题；而无创大便CRC筛查存在假阳性率高、非必要的治疗、价格相对较高、缺乏长期随访研究数据等问题，现阶段迫切需要一种高灵敏度和特异度的无创性CRC筛查产品。

　　本项目研究通过187个组织DNA样本（91个非恶性组织，26个进展期腺瘤[AA]和70个CRC）和489个血浆cfDNA样本进行靶向DNA甲基化测序，建立并验证了用于AA和早期CRC非侵入性检测的基于11个DNA甲基化生物标志物的cfDNA甲基化模型。

　　1、研究工作流程

　　为鉴定结直肠癌（CRC）特异的DNA甲基化生物标志物，研究者收集了313个组织样本（139例正常，30例进展期腺瘤[AA]和144例结直肠癌[CRC]）进行靶向DNA甲基化二代测序（NGS）。此外，为进一步探索这些DNA甲基化标志物在CRC早期检测中的临床应用，采集了577例血浆样本（169例健康对照组、44例非进展期腺瘤[NAA]、76例AA和288例CRC）进行NGS测序分析。经过DNA提取、文库构建和DNA甲基化测序的质控，最终分析了187个组织样本和489个血浆样本。应用Wilcoxon检验和Benjamini-Hochberg多重检验筛选组织队列，得到了667个CRC特异的DNA甲基化生物标志物。将133例正常血浆样本和248例CRC血浆样本随机分组到训练和验证集中，进行建模分析，从该667个生物标志物中进一步筛选CRC特异甲基化生物标志物。在LASSO选择后，基于训练集获得11个CRC特异性甲基化生物标志物，然后使用验证集进一步确认。最终，通过对NAA、AA和CRC患者的诊断来评估该模型的临床价值。同时，通过与癌胚抗原（CEA）和碳水化合物抗原19-9（CA19-9）方法的比较，评估了该模型在CRC管理中的稳定性。（Figure 1）